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疾病监测是公共卫生的一项重要职能,提供有关疾病负担以及疾病的临床和流行病学参数的基本信息,是有效和及时追踪病例和接触者的重要组成部分。COVID-19大流行证明了疾病监测在维护公共卫生方面的重要作用。理论上,电子健康记录(EHR)的有意义使用所提供的标准数据格式和交换方法应该能够在破坏性卫生保健事件(如大流行)的背景下实现快速的卫生保健数据交换。在现实中,获取数据仍然具有挑战性,即使可以获得数据,也往往不符合受监管的标准。gydF4y2Ba
我们试图使用已投入使用的规范互操作性标准,以提高对区域床位容量的认识,并在接受SARS-CoV-2检测的患者中加强对流行病学风险因素和临床变量的捕捉。我们描述了执行公共卫生命令所需的技术和操作组件、治理模型和时间表,该命令要求芝加哥辖区内的医院通过电子病历进行数据的电子报告。我们还评估了数据源、基础设施需求、提供给平台的数据的完整性以及连接这些数据源的能力。gydF4y2Ba
根据一项公共卫生命令,要求芝加哥所有急症护理医院提交数据,我们开发了技术基础设施,以结合来自这些电子病历系统的多个数据馈送——一个区域数据中心,以加强公共卫生监测。创建了一个基于云的环境,用于接收来自站点的ELR、综合临床数据架构和床位容量数据。数据治理从项目开始就计划好了,以帮助达成数据使用的共识和原则。我们测量了每个feed的完整性和feed之间的匹配率。gydF4y2Ba
提交的数据来自14个设施的CCDA记录中的88,906人,来自88个设施的ELR记录中的408,741人。大多数(n=448,380, 90.1%)记录可以在CCDA和ELR饲料之间匹配。ELR馈送中缺少的数据字段包括旅行史、临床症状和共病。只有不到5%的CCDA数据字段是空的。合并CCDA与ELR数据改善了种族、民族、共病和住院信息数据的可用性。gydF4y2Ba
我们描述了全市范围内用于监测SARS-CoV-2感染的公共卫生数据中心的发展。我们能够评估现有ELR提要的完整性,使用CCDA文档增强这些提要,建立用于数据交换的安全传输方法,开发基于云的架构以实现安全数据存储和分析,并生成用于监控容量和疾病负担的仪表板。我们认为,这一公共卫生和临床数据注册表是电子病历通用标准力量的一个信息丰富的例子,也是未来使用标准改善公共卫生监测的潜在模板。gydF4y2Ba
自导致COVID-19的SARS-CoV-2病毒在中国武汉出现以来[gydF4y2Ba
疾病监测是美国公共卫生的一项重要职能。它提供关于疾病负担以及疾病的临床和流行病学参数的基本信息,是进行有效和及时的病例调查的重要因素。除了个人和汇总的患者数据外,大流行还需要仔细监测卫生保健能力和利用情况,以确保满足临床护理需求,特别是在病例激增、能力紧张时;持续监测病例计数有助于满足这一需求gydF4y2Ba
近20年来,通过联邦计划和授权,对疾病监测和流行病学的公共卫生功能的支持已被纳入美国主要的国家信息学计划。这些努力包括综合征监测[gydF4y2Ba
理论上,有意义使用计划提供的标准数据格式和交换方法应该能够在破坏性医疗保健事件(如大流行)的背景下实现快速的医疗保健数据交换。事实上,获取数据仍然具有挑战性,即使可以获得数据,也往往不符合受监管的标准[gydF4y2Ba
在大流行的早期阶段,芝加哥公共卫生部(CDPH)和芝加哥的卫生系统试图应对两大挑战:首先,能够有效地为经过sars - cov -2检测的患者提交必要的临床数据元素;其次,能够以高效的管理方式获取汇总容量数据,用于资源规划。尽管城市医院和卫生系统在电子病历方面进行了大量投资,但电子病历系统无法将重要数据元素自动交付给公共卫生监测系统,这意味着提供者和卫生系统必须手动将数据输入公共卫生报告系统。然而,大量患者和对卫生系统的巨大工作需求限制了及时和完整的人工数据输入。随着大流行的展开,多个机构要求提供床位和激增容量信息,包括国家卫生服务网络、联邦紧急事务管理局(FEMA)、国民警卫队和伊利诺伊州公共卫生部(IDPH),所有这些机构的数据元素定义略有不同(gydF4y2Ba
为了应对这些挑战,CDPH发布了一项公共卫生命令,要求共享电子数据,并与拉什大学医疗中心合作,利用现有的COVID-19卫生信息技术(HIT)基础设施开发一个数据交换平台。在本文中,我们描述了实施公共卫生秩序所需的技术和操作组件、治理模型和时间表,该秩序要求在芝加哥管辖范围内的医院之间进行电子病历数据的电子报告。我们还评估数据源、基础设施需求、提供给平台的数据的完整性以及连接这些数据源的能力。作为临床相关领域报告的一个例子,我们比较了数据提要中的可用领域gydF4y2Ba
该项目是由CPDH与拉什大学医学中心合作开展的,拉什大学医学中心是CDPH的第三方代理,负责开发和支持分析,并提供支持数据收集的基础设施。gydF4y2Ba
2020年4月6日,CDPH发布了2020-4号公共卫生命令,要求芝加哥的医院与CDPH共享EHR数据[gydF4y2Ba
从伊利诺斯州国家电子疾病监测系统(I-NEDSS)获取ELR提要,以提供该市实验室确认病例的基线信息。由于有意义的使用授权,从诊断实验室获得并出现在电子病历中的COVID-19阳性检测结果都被发送到I-NEDSS。这些反馈包含患者人口统计、测试名称、结果和服务日期的记录,由88家机构提交。为满足2020-4号公共卫生命令,芝加哥的医院提供了多种机制,以提交经sars - cov -2检测的患者的综合临床数据架构(CCDA)记录。这包括(1)通过使用DIRECT协议的安全邮箱的报告[gydF4y2Ba
在项目开始时,我们制定了从站点收集数据的解决方案的需求,并产生了所需的分析。在本项目开始时,向卫生部门提交COVID-19病例相关数据的公认方法是被调查者(PUI)监测表。这些表格可以通过纸质表格或IDPH在RedCap调查工具上托管的调查工具获得。由于临床负担,入组费时且往往不完整。填写表格的责任由感染控制从业者或临床工作人员承担,由于这些人的任务相互竞争,因此被认为既不及时也不完整。我们评估了现有COVID-19 PUI表单字段与基于联邦标准的数据提要中可用的电子数据元素之间的差距,并制定了报告要求的交叉交叉,以确保数据集可以作为站点的报告网关,并减轻报告负担。评估的提要包括ELR、CCDA和快速医疗保健互操作性资源(FHIR,发音为gydF4y2Ba
这项调查是正在进行的COVID-19公共卫生应对措施的一部分。这项活动由疾病控制和预防中心(CDC)审查,并按照适用的联邦法律和CDC政策进行(例如,见45 C.F.R.第46.102(l)(2)部分;21 C.F.R.第56部分;42 U.S.C.§241(d);5 U.S.C.§552a;44 U.S.C.§3501 et seq.)gydF4y2Ba
在芝加哥,很大一部分SARS-CoV-2感染报告病例是通过ELR报告的。截至2020年6月30日,仅ELR就提供了73.7%的病例,而ELR结合其他方式(例如,医院或医疗保健提供者向I-NEDSS提交病例报告)占报告病例的94%。ELR数据报告了COVID-19 PUI表格中要求的关键字段(gydF4y2Ba
人行横道表,将人类感染覆盖率与2019年新型冠状病毒病例报表字段和ELR进行比较gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba, CCDAgydF4y2BabgydF4y2Ba和FHIRgydF4y2BacgydF4y2Ba.gydF4y2Ba
疾病预防控制中心gydF4y2BadgydF4y2Ba十三区gydF4y2BaegydF4y2Ba表单字段gydF4y2Ba | CCDA覆盖gydF4y2Ba | ELR涵盖范围gydF4y2Ba | 覆盖在FHIRgydF4y2Ba | 在其他数据源中覆盖gydF4y2Ba | |
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PUI:测试等待gydF4y2BafgydF4y2Ba | 是(实验室测试和结果信息)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2BaggydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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PUI:检测阴性gydF4y2BafgydF4y2Ba | 是(实验室测试和结果信息)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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假定病例(局部检测阳性):有待确诊性检测gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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推定病例(局部检测阳性):确诊性检测阴性gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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例经实验室确认gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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向疾控中心报告PUI的日期gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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向疾控中心报告病例日期gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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居住县gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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居住州gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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种族gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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比赛gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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性gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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出生年月gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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年龄gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
病人住院了吗?日期吗?gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | ADTgydF4y2BahgydF4y2Ba或人口普查数据gydF4y2Ba | |
病人住进重症监护室了吗gydF4y2Ba我gydF4y2Ba?gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | ADT或人口普查数据gydF4y2Ba | |
患者是否接受机械通气(MV)或插管?MV的日子?gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 自定义报告gydF4y2Ba | |
患者是否接受了体外膜氧合(ECMO)?gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 自定义报告gydF4y2Ba | |
病人是死于这种病吗?日期吗?gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | ADTgydF4y2Ba | |
第一次阳性标本采集日期gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | |
病人得了肺炎吗?gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | |
病人有急性呼吸窘迫综合征吗?gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | |
患者是否有其他诊断/病因?gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | |
病人的胸部x光检查有异常吗?gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 是的gydF4y2BafgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | |
病程中出现的症状:(有症状/无症状/未知)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | |
症状发作日期gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | |
症状解决日期gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | |
病人是美国的医护人员吗?gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | |
患者是否有在中国医疗机构(作为病人工作人员或访客)的历史?gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | |
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武汉旅游gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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湖北旅游gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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到中国大陆/其他非美国国家旅行gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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与另一例实验室确诊的COVID-19病例有社区接触gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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与其他经实验室确诊的COVID-19病例的任何卫生保健接触(患者/访客/卫生保健工作者[HCW])gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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暴露于一群病因不明的严重急性下呼吸窘迫患者gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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家庭接触另一实验室确诊的COVID-19病例gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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动物接触gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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如果患者与另一个COVID-19病例有过接触,这个人是否是美国病例?gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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临床评估导致PUI的确定gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 是的gydF4y2BafgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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患者接触者追踪gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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常规监测gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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疫情信息交换(EpiX)旅行者通知(如果选中)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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未知的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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其他(指定)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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100.4°F(38°C)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 是的gydF4y2BafgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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主观发热(感觉发热)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 是的gydF4y2BafgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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发冷gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 是的gydF4y2BafgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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肌肉疼痛(肌痛)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 是的gydF4y2BafgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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流鼻涕(鼻漏)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 是的gydF4y2BafgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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喉咙痛gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 是的gydF4y2BafgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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咳嗽(慢性咳嗽新发或加重)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 是的gydF4y2BafgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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呼吸急促(呼吸困难)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 是的gydF4y2BafgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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恶心或呕吐gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 是的gydF4y2BafgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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头疼gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 是的gydF4y2BafgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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腹部疼痛gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 是的gydF4y2BafgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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腹泻(≥3次稀便/大便比正常稀便/24小时)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 是的gydF4y2BafgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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其他gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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慢性肺病(哮喘/肺气肿/慢性阻塞性肺病)gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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糖尿病gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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心血管病gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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慢性肾病gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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慢性肝病gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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免疫功能不全的情况gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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神经/神经发育性智力残疾gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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其他慢性疾病gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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如果是女性,目前正在怀孕gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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当前吸烟者gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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他以前吸烟gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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呼吸系统诊断测试(呼吸道病毒测试面板信息)gydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | 是的gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
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鼻咽拭子/口咽拭子/痰液/其他(具体)gydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba | N/AgydF4y2Ba |
一个gydF4y2Ba电子实验室报告。gydF4y2Ba
bgydF4y2BaCCDA:综合临床文件架构。gydF4y2Ba
cgydF4y2BaFHIR:快速医疗保健互操作性资源。gydF4y2Ba
dgydF4y2Ba疾病控制和预防中心。gydF4y2Ba
egydF4y2BaPUI:被调查人员。gydF4y2Ba
fgydF4y2Ba如果笔记通过FHIR共享。gydF4y2Ba
ggydF4y2BaN/A:不适用。gydF4y2Ba
hgydF4y2BaADT:入院、出院、转院。gydF4y2Ba
我gydF4y2BaICU:重症监护室。gydF4y2Ba
2020年4月6日,《公共卫生令2020-4》通过芝加哥的HAN与所有符合条件的机构(即芝加哥市境内的卫生系统)共享。该命令要求与CDPH共享3种主要数据类型:(1)sars - cov -2检测个体的ELR提要,这是现有的国家要求;(2) sars - cov -2检测患者的医院CCDA记录;(3) NHSN容量模块报告,要求集中发送到CDPH。这些数据被要求每天至少在上午10点前发送一次。美国中部时间。网站还提供了拉什大学医疗中心负责实施的主要人员的联系信息。拉什大学医疗中心首席信息官与医院技术人员进行了一系列通话,以介绍项目、审查基本原理并描述技术方法。gydF4y2Ba
建立了一个由azure托管和隔离的环境,具有5种单独的连接模式,所有这些模式都来自40多个组织和每周数十万个事务的集中式数据中心。在接下来的30天里,所有网站都参与了数据共享;建立了一个由若干机构的首席医疗官和首席医疗信息官组成的CDPH数据治理委员会,通过该委员会可以讨论问题并制定更多的路线图;与Epic和Cerner EHR开发人员建立了合作,并创建了企业级共享机制;数据被集中发送到CDPH Azure实例。gydF4y2Ba
中显示了该项目的技术体系结构概述gydF4y2Ba
创建了一个与拉什大学医疗中心EHR实例和患者记录完全隔离的基于云的环境。该环境是为支持芝加哥市内40多个组织而构建的,旨在扩展到各个公共卫生部门。gydF4y2Ba
ELR数据源在模型中使用最直接,因为医院系统之间存在传染病报告的现有连接。芝加哥的医院被要求在SARS-CoV-2感染开始时实施新的逻辑,以确定并向CDPH报告实验室确定的COVID-19病例,并将接受测试的患者作为PUIs。ELR饲料提交给国家公共卫生机构,该机构将这些饲料提供给CDPH和地方卫生部门。gydF4y2Ba
为了隔离数据,拉什大学医学中心创建了一个隔离的Azure数据存储库(包括Microsoft Azure SQL仓库),并创建了用于调查表格数据的CosmosDB。我们发现并不是所有的跨企业文档共享(XDS)和DIRECT消息都可以避免我们的EHR实例,因此我们需要确定一种强制数据分离的方法。我们通过从史诗暂存区提取数据来解决这个问题。此外,还创建了基础设施组件,包括XDS服务服务器、DIRECT消息通信、到FHIR服务的持续护理文档(CCD),以及通过社区健康聚合器与Epic集成。谷歌Apigee处理API层,服务在Apigee后面处理令牌控制。通过手动输入的数据收集通过REDCap表单处理,并通过API集成到Azure环境中。gydF4y2Ba
CDPH数据中心CCDA提交选项的高级体系结构。API:应用程序编程接口;持续护理文件;CCDA:统一临床数据架构;芝加哥公共卫生部;sFTP:安全文件传输协议;TS:技术服务;XDS:跨企业文档共享。gydF4y2Ba
数据治理从项目开始就计划好了,以帮助达成数据使用的共识和原则。尽管拥有公共卫生命令的地方卫生部门是一个必要的接受者和数据使用者,但与会者认识到,更大规模的共享倡议以及现场参与以利用信息的用例和机制的价值。治理委员会由来自12个站点的首席医疗官(CMO)、首席医疗信息官(CMIO)或技术主管组成。这些领导者还将内容和指导带回现场参与者,并寻求在系统之间建立不同程度的内部技术能力的桥梁。该委员会每周开会,帮助参与网站建立信任。一般原则参照为使用医疗保险和医疗补助服务中心(CMS)数据而实施的规则[gydF4y2Ba
开放:促进和便利公开分享有关COVID-19数据的知识gydF4y2Ba
通信:促进整个区域的伙伴关系,以消除工作重复;通信是区域数据的真实来源,可减轻行政负担;通信是宝贵的区域和国家资源gydF4y2Ba
问责制:确保符合已批准的数据管理原则和政策,了解当前和未来战略或计划计划的目标,以及它们如何影响现有数据管理原则和政策以及当前隐私和安全协议,或如何受到这些原则和政策的影响gydF4y2Ba
在创建中心时,为芝加哥医院向多个机构和团体报告所要求的指标显示在gydF4y2Ba
提交了14个设施的CCDA记录中的86,499人的数据和88个设施的ELR记录中的408,741人的数据,这些记录符合根据公共卫生命令报告的标准。gydF4y2Ba
我们检查了CCDA和ELR数据字段的完整性(定义为填充的(即非缺失的)数据字段)和有用性(定义为数据字段中干净、完整的信息)。CCDA数据提高了可用于监测的数据的质量。ELR饲料在种族和民族数据的可用性或质量方面存在差距(种族:n=382,097, 93.5%,非缺失,n=215,273, 52.7%,有用;种族:n=333,122, 81.5%,非缺失;n=165,715, 49.7%,有用)。CCDA高度完整,除患者电话号码外,所有记录类型的数据字段中缺失信息<5%。此外,99.2%的CCDA数据对种族(n=85,794)和种族(n=85,799)都是非缺失的,82.5%的CCDA数据对种族(n=71,345)有用,79.2%的CCDA数据对种族(n=68,507)有用。CCDA虽然覆盖的记录较少,但也有与遭遇和住院有关的信息,以及合并症的存在。gydF4y2Ba
在CCDA领域的90.6% (n=78,378)患者中,CCDA和ELR数据源通过姓名和出生日期匹配。通过匹配,ELR数据中最不完整的3个字段的数据完整性有所提高:种族、民族和电话号码。在78,378个匹配的CCDA和ELR饲料中,单独使用CCDA, ELR种族数据从79.4%提高到88.5% (n= 62,352 -69,365),而单独使用CCDA, ELR种族数据从58.2%提高到86.7% (n=45,616-67,954)。ELR中78.6% (n=321,121)的电话号码数据完整;合并CCDA和ELR的完整性提高到80.0% (n=326,993)。此外,对于匹配组,有完整的住院和共病信息。gydF4y2Ba
为了演示,数据通过Microsoft Azure Power BI平台显示在CDPH分析师可用的仪表板上,并显示在gydF4y2Ba
通过CCDA提交的数据的完整性gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba和ELRgydF4y2BabgydF4y2Ba.gydF4y2Ba
数据字段gydF4y2Ba | CCDA数据(N=86,499), N (%)gydF4y2Ba | ELR数据(N=408,741), N (%)gydF4y2Ba | |
实验室确诊SARS-CoV-2gydF4y2Ba | 11491 (13.3)gydF4y2Ba | 53968 (13.2)gydF4y2Ba | |
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常数gydF4y2Ba | 86499 (100.0)gydF4y2Ba | 408737 (100.0)gydF4y2Ba |
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有用的gydF4y2Ba | 86499 (100.0)gydF4y2Ba | 408463 (99.9)gydF4y2Ba |
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常数gydF4y2Ba | 86499 (100.0)gydF4y2Ba | 408732 (100.0)gydF4y2Ba |
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有用的gydF4y2Ba | 86499 (100.0)gydF4y2Ba | 408717 (100.0)gydF4y2Ba |
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常数gydF4y2Ba | 86499 (100.0)gydF4y2Ba | 408732 (100.0)gydF4y2Ba |
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有用的gydF4y2Ba | 86497 (100.0)gydF4y2Ba | 408718 (100.0)gydF4y2Ba |
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常数gydF4y2Ba | 86489 (100.0)gydF4y2Ba | 408270 (99.9)gydF4y2Ba |
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有用的gydF4y2Ba | 86480 (100.0)gydF4y2Ba | 407730 (99.9)gydF4y2Ba |
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常数gydF4y2Ba | 86416 (99.9)gydF4y2Ba | 408540 (100.0)gydF4y2Ba |
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有用的gydF4y2Ba | 86405 (99.9)gydF4y2Ba | 398590 (97.5)gydF4y2Ba |
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常数gydF4y2Ba | 85794 (99.2)gydF4y2Ba | 382097 (93.5)gydF4y2Ba |
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有用的gydF4y2Ba | 71345 (82.5)gydF4y2Ba | 215273 (52.7)gydF4y2Ba |
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常数gydF4y2Ba | 85799 (99.2)gydF4y2Ba | 333122 (81.5)gydF4y2Ba |
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有用的gydF4y2Ba | 68507 (79.2)gydF4y2Ba | 165715 (49.7)gydF4y2Ba |
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常数gydF4y2Ba | 86498 (100.0)gydF4y2Ba | 385073 (94.2)gydF4y2Ba |
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有用的gydF4y2Ba | 85471 (98.8)gydF4y2Ba | 384000 (93.9)gydF4y2Ba |
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常数gydF4y2Ba | 86499 (100.0)gydF4y2Ba | 408741 (100.0)gydF4y2Ba |
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有用的gydF4y2Ba | 86499 (100.0)gydF4y2Ba | 408741 (100.0)gydF4y2Ba |
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常数gydF4y2Ba | 86377 (99.9)gydF4y2Ba | 408026 (99.8)gydF4y2Ba |
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有用的gydF4y2Ba | 86375 (99.9)gydF4y2Ba | 407918 (99.8)gydF4y2Ba |
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常数gydF4y2Ba | 20712 (23.9)gydF4y2Ba | 321121 (78.6)gydF4y2Ba |
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有用的gydF4y2Ba | 20712 (23.9)gydF4y2Ba | 319974 (78.3)gydF4y2Ba |
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常数gydF4y2Ba | 86499 (100.0)gydF4y2Ba | 408694 (100.0)gydF4y2Ba |
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有用的gydF4y2Ba | 86499 (100.0)gydF4y2Ba | 408694 (100.0)gydF4y2Ba |
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常数gydF4y2Ba | 0gydF4y2Ba | 408741 (100.0)gydF4y2Ba |
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有用的gydF4y2Ba | 0gydF4y2Ba | 408727 (100.0)gydF4y2Ba |
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常数gydF4y2Ba | 55783 (64.5)gydF4y2Ba | 405650 (99.2)gydF4y2Ba |
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有用的gydF4y2Ba | 55235 (62.1)gydF4y2Ba | 396110 (96.9)gydF4y2Ba |
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常数gydF4y2Ba | 86499 (100.0)gydF4y2Ba | 408741 (100.0)gydF4y2Ba |
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有用的gydF4y2Ba | 86499 (100.0)gydF4y2Ba | 408741 (100.0)gydF4y2Ba |
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常数gydF4y2Ba | 83999 (97.1)gydF4y2Ba | 408046 (99.8)gydF4y2Ba |
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有用的gydF4y2Ba | 83999 (97.1)gydF4y2Ba | 408046 (99.8)gydF4y2Ba |
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常数gydF4y2Ba | 86499 (100.0)gydF4y2Ba | 0gydF4y2Ba |
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有用的gydF4y2Ba | 86499 (100.0)gydF4y2Ba | 0gydF4y2Ba |
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常数gydF4y2Ba | 86499 (100.0)gydF4y2Ba | 0gydF4y2Ba |
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有用的gydF4y2Ba | 86499 (100.0)gydF4y2Ba | 0gydF4y2Ba |
一个gydF4y2BaCCDA:综合临床文件架构。gydF4y2Ba
bgydF4y2Ba电子实验室报告。gydF4y2Ba
cgydF4y2BaCCDA完整性表示来自主数据字段或单元数据字段的至少一个电话号码;ELR提要有1个phone字段,所以home和fields cell没有区别。“非缺失”指的是填充的数据字段。“有用”指的是数据字段中干净、完整的信息。如果数据在各自的字段中存在以下任何一种情况,则将其标记为无用:在种族、民族、地址或其他字符串字段中为“未知”;地址:是否有邮政信箱、未知、无家可归或无;对于电话,一个难以置信的号码(如111-1111或999-999-9999),或少于10个号码;对于邮政编码,小于5位数字或99999,00000或字母(例如“UUUUU”)。gydF4y2Ba
用于评估疫情的流行病学仪表板,CDPH数据中心。芝加哥公共卫生部。gydF4y2Ba
在本报告中,我们描述了伊利诺伊州芝加哥市用于监测SARS-CoV-2感染的全市公共卫生数据中心的开发情况。我们能够评估现有ELR提要的完整性,使用CCDA文档增强这些提要,建立用于数据交换的安全传输方法,开发基于云的架构以实现安全的数据存储和分析,并生成用于监测容量和疾病负担的有意义的仪表板。gydF4y2Ba
推动我们工作的公共卫生领域的一个潜在需求是,旨在提高提交给公共卫生机构的数据的自动化、完整性和有用性。这项工作以ELR的已知效用为基础,提高了数据质量。多项研究发现,ELR或通过实施检测业务逻辑以电子方式向公共卫生部门提交实验室检测,可提高报告的及时性和完整性[gydF4y2Ba
ELR数据一直受到完整性问题的阻碍。在以前的报告中,ELR数据的完整性有所不同:在基本HL7 v2中通过ELR报告的字段的完整性。X信息范围从38%(种族)到98%(出生日期)[gydF4y2Ba
我们还发现ELR数据不能提供充分的案件调查所需的所有信息。在ELR的HL7信息源中,人口统计和风险因素信息可能不完整,病例报告表格继续在公共卫生实践工作中发挥关键作用。此外,共病条件,一个重要的预测疾病结果,没有被捕获。我们发现CCDA数据具有更广泛的临床领域,并具有提供有价值的共病信息的优势。虽然在完整性方面只取得了很小的改进,但与ELR数据的高匹配率使CCDA成为ELR的一个引人注目的补充,以提高公共卫生数据集的分析能力。CCDA的一些字段仍然不完整,这表明在源头上捕获和共享数据仍然是使用这些数据的关键问题。gydF4y2Ba
制订了个案报告表格填写标准化和自动化的措施[gydF4y2Ba
我们的解决方案的一个特点是,它支持地方卫生部门在数据汇总和报告方面发挥核心作用。在许多社区,公共卫生对策的一个重要组成部分是公共卫生机构的"地方自治" [gydF4y2Ba
对于最有效的数据交换,数据共享结构的标准和信息的语义表示是至关重要的。在这种情况下,与数据相关的技术和非技术握手和交接是成功项目的关键因素。在此设置中,技术握手是系统之间的信任关系,以支持数据共享:同时使用经过身份验证的基于api的传输和DIRECT邮箱共享的能力加快了项目实现的时间。技术转换是无缝数据解析的能力,因为通过有意义的使用实现了健壮的标准。鉴于CCDA文件在COVID-19 PUI表格中的字段覆盖范围更广,能够利用CCDA来提高COVID-19 PUI报告的整体完整性,这表明了临床数据交换联邦标准的价值。gydF4y2Ba
更重要的是非技术性的握手(即各机构之间建立关系和达成共识,以实现数据共享)和移交(即公共和私营实体之间的伙伴关系)。数据治理委员会对于促进信任至关重要,并能够将该计划扩展到新的数据集和集内更深入的信息。在COVID-19病例激增之际,具有技术能力的私营学术合作伙伴(拉什大学医学中心)能够迅速实施解决方案。芝加哥开发的系统有三个含义。首先,在大流行的背景下,关系和合作对于确保成功至关重要。第二,公共卫生通过执行授权在推动收养方面的作用也至关重要。最后,标准的存在和基于api的数据交换加速了该地区的采用。gydF4y2Ba
我们的努力受到一些限制。首先,实施的解决方案只在一个公共卫生管辖区使用,没有部署到多个地点。我们认为,通过联邦授权(CCDA和ELR数据)广泛使用的文件类型的使用表明,我们的方法可以扩展到多个卫生部门,但还需要进一步的调查。另一个限制是使用公共卫生任务鼓励参与。如果没有数据共享的要求,可能会出现更低的数据共享率。最后,尽管我们在为公共卫生目的进行区域数据交换方面取得了重大进展,但在促进可扩展数据共享方面,各国仍有许多工作要做。为了避免这次大流行中数据流动性面临的挑战,需要在数据收集自动化和在大流行之外建立“随时待命”数据共享网络方面开展更多工作。gydF4y2Ba
我们认为这个公共卫生和临床数据中心是一个信息丰富的例子,说明如何使用电子记录的通用标准为公共卫生创建更完整的监测记录。该报告可能成为未来扩大使用标准以改进公共卫生监测的潜在模板。通过合并数据,在完整性方面取得了微小的改进,特别是在COVID-19监测的共病和住院信息方面。减少报告中的行政负担仍是一个目标,但需要对美国的报告基础设施进行更广泛的改革。gydF4y2Ba
伊利诺伊州芝加哥市2020年4月强制报告COVID-19的措施和机构清单。gydF4y2Ba
应用程序编程接口gydF4y2Ba
综合临床数据架构gydF4y2Ba
疾病控制和预防中心gydF4y2Ba
芝加哥公共卫生部gydF4y2Ba
急诊科gydF4y2Ba
电子健康记录gydF4y2Ba
电子实验室报告gydF4y2Ba
联邦紧急事务管理局gydF4y2Ba
快速医疗保健互操作性资源gydF4y2Ba
健康警报网络gydF4y2Ba
健康等级7级国际gydF4y2Ba
重症监护室gydF4y2Ba
伊利诺斯州公共卫生部gydF4y2Ba
伊利诺伊州国家电子疾病监测系统gydF4y2Ba
全国医疗保险网络gydF4y2Ba
被调查人士gydF4y2Ba
研究电子数据采集gydF4y2Ba
跨企业文档共享gydF4y2Ba
我们感谢芝加哥市医院代表的合作。伊利诺伊州参与了这项计划,在数据治理方面进行了合作,并分享了他们的数据。gydF4y2Ba
本报告中的发现和结论仅代表作者的观点,并不代表疾病控制和预防中心(CDC)的官方立场。gydF4y2Ba
AC是CareJourney的总统。gydF4y2Ba