JMIR J医疗互联网服务 医学互联网研究杂志 1438 - 8871 卡塔尔世界杯8强波胆分析 加拿大多伦多 v24i8e39888 35930346 10.2196/39888 原始论文 原始论文 解读神经发育障碍中心理模型的多样性:使用自然语言处理的公共数据的知识图表示 Eysenbach 冈瑟 蒂芙尼 Shuqing Thaker Khushboo Maulikmihir 考尔 Manpreet BTech,孟 1 https://orcid.org/0000-0003-0435-3877 科斯特洛 杰里米 大麻 2 https://orcid.org/0000-0003-4671-3914 威利斯 伊丽丝 1 https://orcid.org/0000-0002-4101-5247 凯尔姆经常 凯伦 BASoc 1 https://orcid.org/0000-0002-1022-0774 重新格式化 Marek Z 荣誉理学硕士,博士 2 3. https://orcid.org/0000-0003-4783-0717 Bolduc 弗朗索瓦•V 医学博士 1
儿科 阿尔伯塔大学 3-020 Katz大厦 87大街11315号 埃德蒙顿AB T6G 2E1 加拿大 1780 492 9713 fbolduc@ualberta.ca
4 5 6 https://orcid.org/0000-0002-6109-5467
儿科 阿尔伯塔大学 埃德蒙顿AB 加拿大 电气与计算机工程系“, 阿尔伯塔大学 埃德蒙顿AB 加拿大 资讯科技学院 社会科学大学 Łodź 波兰 医学遗传学系 阿尔伯塔大学 埃德蒙顿AB 加拿大 妇女和儿童健康研究所 阿尔伯塔大学 埃德蒙顿AB 加拿大 神经科学和心理健康研究所 阿尔伯塔大学 埃德蒙顿AB 加拿大 通讯作者:Francois V Bolduc fbolduc@ualberta.ca 8 2022 5 8 2022 24 8 e39888 26 5 2022 16 6 2022 5 7 2022 8 7 2022 ©Manpreet Kaur, Jeremy Costello, Elyse Willis, Karen Kelm, Marek Z Reformat, Francois V Bolduc。最初发表于医疗互联网研究杂志(//www.mybigtv.com), 05.08.2022。 2022

这是一篇开放获取的文章,根据创作共用署名许可(https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)的条款发布,允许在任何媒介上无限制地使用、分发和复制,前提是正确引用最初发表在《医学互联网研究杂志》上的原创作品。必须包括完整的书目信息,//www.mybigtv.com/上的原始出版物的链接,以及此版权和许可信息。

背景

了解个人对一个话题的想法,即心理模型,可以显著改善沟通,尤其是在情绪和影响很高的医学领域。神经发育障碍(ndd)是一组诊断,影响全球18%的人口,涉及认知或社会功能发展的差异。在这项研究中,我们关注两种ndd,注意力缺陷多动障碍(ADHD)和自闭症谱系障碍(ASD),它们涉及多种症状和干预措施,需要两个重要的利益相关者:父母和卫生专业人员之间的互动。对于每个利益相关者的心理模型之间的差异,我们的理解存在差距,这使得利益相关者之间的沟通变得更加困难。

客观的

我们的目标是从与每个利益相关者相关的基于网络的信息中构建知识图(KGs),作为心智模型的代理。这些kg将加速确定利益相关者之间共有的和不同的关注点。所开发的kg可以帮助改善ADHD和ASD患者的知识动员、沟通和护理。

方法

我们通过收集基于网络的论坛和PubMed的关于ADHD和ASD的摘要,创建了两个数据集。我们利用统一医学语言系统(UMLS)检测生物医学概念,并应用正点互信息(Positive Pointwise Mutual Information)和截断奇异值分解(truncated Singular Value Decomposition)对每个数据集进行基于语料库的概念嵌入。每个数据集使用属性图模型表示为一个KG。通过计算概念之间的语义相关度来对概念之间的关系强度进行排序,并将其作为关系权重存储在KG中。UMLS与障碍相关的语义类型用于提供关于每个概念领域的附加分类信息。

结果

所开发的KGs包含来自两个数据集的概念,节点大小表示概念的共现频率,边缘大小表示概念之间的相关性。来自不同语义类型的ADHD和asd相关概念显示了不同的关注领域和复杂的条件需求。KG确定了卫生专业人员文献(PubMed)和父母关注点(基于网络的论坛)之间的趋同和分歧概念,这可能对应于每个利益相关者的心理模型之间的差异。

结论

我们首次表明,从基于网络的数据生成kg可以捕捉处理ADHD或ASD的家庭的复杂需求。此外,我们还展示了家庭和卫生专业人员的KG之间的契合点。基于自然语言处理的KG提供了大样本量的访问,这通常是传统的面对面心理模型映射的限制因素。我们的工作提供了对心理模型地图的高通量访问,可用于进一步的面对面验证、知识动员项目,以及在ndd交互中有关利益相关者潜在盲点的交流基础。未来的研究将需要确定每个利益相关者的概念如何以不同的方式相互作用。

概念图 神经发育障碍 知识图谱 文本分析 语义相似度 PubMed 论坛 心智模型
简介

神经发育障碍(ndd)很常见,代表了一组由认知、运动或社交技能发展差异组成的诊断[ 1].注意力缺陷多动障碍(ADHD)是ndd最常见的原因,影响儿童和成人集中注意力和调节运动活动的能力。另一种情况是自闭症谱系障碍(ASD),这与社会互动、语言和行为的差异有关。考虑到最常见的疾病(注意力缺陷多动障碍),ndd在全球的患病率高达18% [ 2 3.],而ASD等某些疾病的患病率接近1% [ 4].患有ASD和ADHD的个体除了他们的核心障碍症状外,还经常经历各种相关问题,包括睡眠困难、具有挑战性的行为和心理健康问题,不仅对健康有影响,而且对教育和社会需求也有影响。这给父母带来了一定程度的复杂性,需要大型护理团队,并对涉及ndd家庭的卫生专业人员的沟通提出了挑战。

对医疗复杂性的研究表明,通过建立每个利益相关者对一种被称为心理模型的疾病的表征,可以改善沟通和护理。心智模式是动态的,是一套不断发展的信念和知识,它们决定了父母和专业人士的决定和行为[ 5 6].当与他人合作时,有矛盾的思维模式会导致相互矛盾的期望,阻碍沟通。 7 8].将思维模式可视化地表示为地图,可以促进教育中的交流和协作[ 9]和医疗保健[ 10].心理模型已经通过各种面对面的技术绘制出来,如认知任务分析和概念映射[ 11].然而,这些需要训练有素的专业人员和利益相关者,从而限制了它们的可扩展性。

知识图(Knowledge graphs, KGs)作为一种基于图的信息表示形式,已广泛应用于人工智能和信息的结构表示[ 12].KG以结构化的方式表示知识——概念是相互连接的节点,其边表示类似于概念图的关系。基于网络的信息已越来越多地用于确定患者感兴趣的主题。例如,对癌症患者的网络信息的分析已被用于比较患者和家庭成员的担忧[ 13]、患者关心的问题及研究问卷[ 14],或临床试验题目[ 15].此外,自然语言处理(NLP)技术已被用于识别和比较用于描述不同精神健康障碍的语言[ 16].共现分析一词已被广泛用于从文本中提取意义,包括健康[ 17]、癌症[ 18],以及COVID-19信息,来自Twitter [ 19].语义关联任务在许多自然语言处理应用中扮演着重要的角色,例如词义消歧[ 20. 21],基于方面的情感分析[ 22,查询扩展[ 23],以及从电子健康档案检索资料[ 24].据我们所知,我们的研究是第一次利用KG构建工具来表示来自不同利益相关者的心理模型。此外,尚不清楚医学专业文献如何处理家庭最感兴趣的主题。因此,我们提出了一种比较asd相关或adhd相关概念的方法,这些概念在家庭论坛和PubMed文献中是重要的,经常出现的。本文提出的方法与之前的研究不同,它利用基于向量空间模型(VSM)的语义关联技术构建了asd相关和adhd相关统一医学语言系统(UMLS)概念的KG表示。

开发的kg描述了来自两个来源的信息概念图:在线社区和PubMed摘要。它们有助于识别具有相似或不同相关性或优先级的概念,以及它们在两个涉众的情况下出现的频率。这种方法是必不可少的,因为直接从利益相关者那里获得这些信息需要大量的努力,包括招聘和进行访谈或分发调查(通常回复率有限)。

方法 数据收集 PubMed摘要

搜索查询“神经发育障碍[MeSH]”、“自闭症”、“自闭症谱系障碍[MeSH]”、“自闭症障碍”、“注意力缺陷和破坏性行为障碍[MeSH]”、“注意力缺陷伴多动障碍[MeSH]”和“多动症”是在PubMed中使用国家生物技术信息中心的Entrez Programming Utilities应用程序编程接口执行的。创建了一个包含226660个文章标识符的唯一列表,并通过另一个PubMed应用程序编程接口调用检索摘要,该调用返回118,153个非空摘要。

论坛的帖子

我们手动搜索了NDD主题周围公开的网络论坛或社区和reddit子版块,以收集社交媒体数据,并审查了他们的隐私政策和使用条款。我们选择了三个来源:healthboards.com [ 25], psychforums.com [ 26],以及reddit [ 27],该研究的数据收集和分析得到了阿尔伯塔大学的伦理批准。没有包含可识别的个人信息(如用户名)的HTML元素被抓取,只有包含帖子的HTML元素被检索并存储在本地。我们没有联系任何用户进行这项研究。由于这些在线社区不完全关注NDD主题,我们选择了关于ASD和ADHD的子论坛,如自闭症,阿斯伯格综合症,ADHD和注意力缺陷障碍。我们找到了关于ASD和ADHD的各种子reddit,包括askAutism, AutismBlogs, TeenAspies, ADD, ADHD焦虑,ADHD和父母ADHD。Python Scrapy框架[ 28用于从healthboards.com和psychforums.com上抓取帖子,而Reddit应用程序编程接口包装器[ 29]用于从不同的reddit子版块收集数据。我们只考虑了该帖的主帖,没有收集该帖的回复列表。我们假设主线程由论坛用户发布的关注点组成(这是我们构建KG的主要目标)。我们没有包括回复,因为它们会包含相同概念的提及,并且会错误地提高共现的频率,除非文本分析管道有能力理解完整的句子上下文,例如关系提取任务。我们没有过滤仅由家长发布的帖子;因此,这些信息可能来自任何家庭成员、照顾者、自闭症谱系障碍或多动症患者的朋友,或者本身就患有这种疾病的人。

NLP管道 数据预处理

所有PubMed摘要和论坛帖子(以下简称文档)都使用自然语言工具包Python库进行了预处理,以删除标点符号,将句子标记为单词,删除停止词,并将单词[ 30.].此过程说明在 图1.停顿词指的是那些没有信息量但出现了很多次的词,如is, am, are和have。使用自然语言工具包提供的默认停止词列表。

文本处理与知识图谱生成方法。数据收集包括使用Scrapy的论坛抓取、Reddit包装器应用程序编程接口调用和PubMed应用程序编程接口调用。收集的文档通过自然语言处理管道进行处理。知识图谱由选定语义类型下与条件概念(自闭症谱系障碍或注意缺陷多动障碍)相关的前25个概念发展而来。ADHD:注意缺陷多动障碍;ASD:自闭症谱系障碍;PMI:逐点互信息;UMLS:统一的医学语言系统。

UMLS实体链接器

UMLS是一个包含超过100个受控词汇的集合,包括但不限于国际疾病分类-第10分类、医学主题标题和SNOMED临床术语,包含超过400万个概念[ 31].UMLS通过将来自不同源词汇表的同义词组合成称为概念的规范术语来促进生物医学实体检测。UMLS还将所有概念划分为更广泛的类别,称为语义类型;例如,ASD的概念被归类为精神或行为功能障碍,而培训项目的概念被归类为教育活动。语义类型提供了关于概念的附加分类信息,并在本项目中使用。现有的开源Python库scispaCy用于从文档中检测UMLS概念[ 32].scispaCy UMLS实体链接器为每个检测到的概念提供分数,范围从0到1。得分低的术语出现假阳性的几率更高,我们将概率截断值设为0.7,以降低假阳性的几率。因此,在最后的注释中,只考虑得分大于0.7的概念及其语义类型。

从PubMed共检测到124种UMLS语义类型,从论坛共检测到122种UMLS语义类型,这些语义类型适用于医学领域的所有子领域。彭等[ 33]发现,如果实体不是特定于ASD, UMLS实体链接器工具的精度可能很低,他们在分析中使用了13种语义类型。我们对所有语义类型的初步分析是通过比较每种语义类型的出现频率来进行的,这些频率是使用每个来源的文档语料库中所有检测到的概念来计算的。结果表明,数据库中出现频率最高的定性概念、功能概念、想法或概念等语义类型与ASD和ADHD无关。 多媒体附件1显示每个源中最常见的语义类型。考虑到缺乏已建立的NDD相关语义类型,我们通过与NDD专家合作审查相关概念来确定26种类型的优先级。选定的26种语义类型分别是“活动”、“年龄组”、“行为”、“先天性异常”、“诊断程序”、“日常或娱乐活动”、“疾病或综合征”、“教育活动”、“家庭群体”、“发现”、“卫生保健相关组织”、“卫生保健活动”、“个人行为”、“伤害或中毒”、“心理过程”、“精神或行为功能障碍”、“职业活动”、“职业或纪律”、“组织”、“患者或残疾人群体”,“专业或职业团体”、“专业团体”、“自助或救济组织”、“社会行为”、“征兆或症状”和“治疗或预防程序”。我们将定性概念、功能概念、思想或概念等常见语义类型从为分析而开发的KG中剔除。然而,我们的目标是在未来的作品中使用它们。

如果一个概念与多个语义类型相关联,那么scispaCy实体链接器将返回所有语义类型的列表,并且不考虑句子的上下文来选择正在讨论的语义类型。由于它返回所有语义类型的列表,所以我们只考虑返回的第一个语义类型。对语料库中至少10个文档中出现的概念进行了进一步分析。因此,我们在PubMed文档中有4494个独特的概念,在论坛中有3627个独特的概念。

文件过滤器

所有带有UMLS概念注释的文档都通过了一个过滤器,该过滤器删除了文本中没有提及与自闭症相关和adhd相关概念的文档。在UMLS中,ASD、阿斯伯格综合症和自闭症是不同的概念;所有在摘要或标题中提到这些的文件都被认为是在ASD下。此外,阿斯伯格综合症和自闭症障碍的概念被ASD取代。结果,我们获得了55,461篇PubMed摘要的最终数据集,其中37,728篇提到了ASD, 20,805篇提到了ADHD, 3072篇同时提到了这两种情况。对于论坛,最终的数据集包含153,098个帖子,其中72,669个帖子是关于ASD的,90,372个帖子是关于ADHD的,9943个帖子有关于这两种情况的陈述。 表1列出从3个网络论坛收集的帖子数量。

从不同数据源收集的文档数量。

自闭症谱系障碍文档 注意缺陷多动障碍的文档 自闭症谱系障碍和注意缺陷多动障碍都有记录
Reddit 66552年 87022年 9302
心理论坛 5029 1966 395
健康委员会 1088 1384 246
来自3个论坛的文件总数 72669年 90372年 9943
PubMed 37728年 20805年 3072
UMLS概念嵌入

在VSM中,基于语料库的概念数字表示基于上下文表示概念的含义。它假定在一个环境(文档级、句子级或特定大小的邻域窗口)中一起出现的概念彼此相关或相似。上下文框架的大小会影响VSM中概念的表示,许多单词嵌入模型(如Skip-gram模型和连续单词袋模型)使用基于窗口上下文的方法,称为局部上下文。文档级共现(称为全局上下文)提供了关于概念的更多主题信息,因为许多主题建模方法使用全局上下文来检测文档中的潜在主题[ 34].由于我们想要检测与ASD和ADHD最相关的概念,因此创建了一个大小为n × n的全局基于上下文的共现矩阵,其中n指的是源中唯一UMLS概念的总数。共出现矩阵是分别为PubMed和forum计算的,因为围绕一个概念的上下文信息可能会根据文本语料库而不同,这最终会影响相关性得分。

正点互信息

使用正点互信息(PPMI)和截断奇异值分解(SVD)来嵌入概念,这与基于神经网络的嵌入模型(如Word2Vec[])提供了比较性能。 35].SVD PPMI通常会产生一致/稳定的结果,其中稳定性指的是单词在VSM中邻域的变化,而基于神经网络的方法(Word2vec, Glove)在不同的运行中可能会导致不同的结果,因为代表单词嵌入的隐藏层的权重在多次运行中不同。基于svd的嵌入不受此问题影响[ 36 37].逐点互信息(PMI)是一种量化共现可能性的概率方法,并判断共现是信息性的还是偶然性的。定义如下:

PMI (ccj) = log [p (c .cj) / (p (c) × p (cj))) (1)

其中c=我th概念或行

cjj =th上下文概念或列 p (c) = c的边际概率 p (cj) = c的边际概率j p (ccj) = c的边际概率和cj

PMI范围为-1 ~ 1。如果PMI为0,两个概念的共现不能提供任何信息,只是偶然。当联合概率远高于边际概率时,共现就不是偶然的。如果PMI小于0,则概念c和cj比同时出现的信息更丰富。如果PMI值小于0,则PPMI将PMI值设置为0。

PPMI (ccj) = max (PMI (ccj), 0) (2)

PPMI提供了一个大小为n × n的方阵M。对于PubMed, n=4494,对于forum, n=3627,这使得VSM具有较高的维数。

截断奇异值分解

SVD是一种降维技术,用于获得密集矩阵M的低秩近似。SVD将矩阵M分解为3个矩阵的乘积:

M = usvT (3)

其中U和V是大小为n × n的正交矩阵,S是一个n × n对角线矩阵,对角线值从高到低排序。由式(3)可以得到矩阵M的秩k (k k= Uk年代kVk T (4)

你在哪里k是一个n × k矩阵,Sk是k × k对角矩阵,VkT是一个k × n矩阵。Uk年代k为n × k大小的矩阵,表示k维的n个概念。设k=300,使用Python scikit-learn库实现截断SVD,得到300D概念嵌入[ 38].不同的低嵌入尺寸(通常是300-500)显示了使用,但没有具体提到它对最终结果的影响,其中一个常用尺寸的300维[ 39- 41].PPMI和SVD分别应用于论坛和PubMed语料库后,提供了2个vms,根据每个源中的上下文信息表示概念。

概念相似度

语义相关性方法根据所使用的上下文来检测给定概念中最相关的概念。语义相似性和相关性任务看起来是一样的,但相似性指的是同义词,可以互换使用的概念,而相关性指的是由于在同一上下文中使用而相关的概念。例如,自闭症谱系障碍和攻击行为是相关的,但并不相似。两个概念之间的概念关联和cj使用余弦相似度作为上下文向量C和Cj

亲缘ij= cosineSimCj) = c·Cj/║C║║Cj

亲缘ij取值范围为(- 1,1),其中接近1的值表示c和cj两个向量在VSM中方向相同,且彼此密切相关;接近0的值表示c和cj,且两个向量在VSM中正交;和人际关系ij(-1)表示c和cj在多维空间中方向相反。

公斤表示

属性图图式, 图2,表示与不同UMLS语义术语相关的概念。这些节点表示病症(ASD或ADHD)、相关的UMLS语义类型和相关概念。根据条件和概念之间的相关性得分,使用与每个UMLS语义类型相关联的前25个相关概念来创建图表。边“isRelatedTo”将一个语义类型节点链接到一个条件节点,每个相关的概念使用“isA”关系连接到它的语义类型。一组属性值对存储在节点和边上。所有节点都有一个标签(指概念名称)和频率(指给定概念在每个源数据集中与该病症(ASD或ADHD)同时出现的文档的比例)。语义类型节点的频率是指其前25个概念的平均频率。“isA”关系的权重表示源数据集中概念与条件之间的相关度得分,“sameAs”和“isRelatedTo”关系不分配权重。使用Neo4j图形数据库存储构造的KG [ 42].

知识图谱模式。概念(蓝色圆圈)和条件(橙色圆圈)的共现频率被存储为概念的频率。概念与条件的相关性得分被存储为概念与语义类型之间isA关系的权重(也是蓝色圆圈)。as关系的方向可以是任意一种。

结果 关于ADHD和ASD的不同关注领域

PubMed和论坛开发的KG表示描述了双方利益相关者的心理模型。我们在与adhd相关和与自闭症相关的PubMed和论坛数据集中发现了许多与不同语义类型相关的UMLS概念。所有检测到的概念及其语义相关度得分都列在 多媒体附件2.为了分析不同的关注领域,我们通过使用Gephi网络可视化工具将PubMed摘要和家庭论坛中的kg可视化,评估了与多动症相关的医疗保健(PubMed摘要)和家庭(论坛帖子)概念[ 43].在KG可视化中,关系的厚度和颜色暗度与概念与条件(ADHD或ASD)的余弦相关评分成正比,节点/标签的大小与共现频率成正比。我们在一些语义类型组中发现了一些无关紧要的概念。然后,这些概念与PubMed和论坛文档中的原始文本进行了检查,结果显示这些概念是假阳性的,因此从所有分析中删除了。 多媒体显示已删除的概念以及与这些概念相关联的单词的频率。 表2在不同的UMLS语义类型下,总结了PubMed和关于ADHD的论坛文档中一些最相关的术语,这显示了对ADHD的不同关注领域。

从PubMed摘要生成的ADHD kg(见 多媒体附件4)和论坛(见 多媒体)显示了其他关注的领域,如“诊断程序”、“个人行为”、“保健活动”和“专业或职业群体”。与ADHD相似,ASD被发现与UMLS语义类型所代表的不同领域的不同概念有关 表3

ASD PubMed摘要的KG表示(见 多媒体附件6)和论坛(见 多媒体)显示了其他语义类型下的概念,表明了有关ASD的其他关注领域。

PubMed中的注意缺陷多动障碍相关概念以及特定统一医学语言系统语义类型的论坛。

统一的医学语言系统语义类型 PubMed 论坛
精神或行为障碍

注意力不集中

冲动行为

极度活跃的行为

注意缺陷障碍

药物滥用问题

品行障碍

执行功能障碍

精神问题

焦虑

极度活跃的行为

注意力不集中

精神抑郁

年龄段

青少年

成人

年轻的成年人

成人

青少年

孩子

日常或娱乐活动

体育

青少年体育

娱乐活动

阅读活动

演讲活动

锻炼

教育活动

心理教育

培训项目

社会化

家庭作业

家庭教育

培训项目

社会行为

父母的行为

社会技能

亲子关系

生活方式

谈话

社会行为

在特定的统一医学语言系统语义类型下,PubMed和论坛中的自闭症谱系障碍相关概念。

统一的医学语言系统语义类型 PubMed 论坛
精神或行为障碍

发育障碍

社会交往障碍

精神分裂症

精神发育迟滞

欺凌

失语症

社会焦虑

刻板运动障碍

年龄段

孩子

成人

婴儿

孩子

成人

青少年

社会行为

沟通

社会技能

社会认知

社会技能

社交场合

眼神交流

心理过程

感知

认知

刻板印象

情报

日常或娱乐活动

体育活动

青少年体育

口语和阅读活动

体育

游戏

口语和阅读活动

教育活动

社会化

培训项目

计算机辅助教学

特殊教育

家长培训

社会化

培训项目

特殊教育

厕所训练

家庭教育

比较PubMed和Forum KG

KG有助于确定家庭和保健专业人员之间相似和不同的相关/优先概念。了解共享理解(共享思维模式)已被证明是医疗保健领域有效协作和高质量沟通的关键因素[ 44],我们的目标是确定论坛和医学文献之间相似和不同相关性的潜在概念。为了比较概念,我们考虑了在所选UMLS语义类型下的前25个概念,这些概念与每种情况(ASD和ADHD)的相关性得分最高,并使用Gephi将它们可视化。如 图3, kgs -一个用于PubMed,一个用于论坛-通过卫生专业人员和在线社区使用“ sameAS”关系(橙色箭头)。这种关系的方向可以是任何一种。对于“ isA”关系(紫色箭头),其厚度指的是概念与条件(ADHD)的相关性得分,这表明相关性或优先级。不同节点大小的概念与“ 篇”关系显示了概念在各自来源的频率之间的差异,例如精神抑郁和焦虑在ADHD论坛中比ADHD PubMed摘要中更常见,而过度活跃行为,注意力不集中和冲动行为在PubMed中讨论得更多。

为了总结相似和不相似相关性/优先级的概念,我们比较了论坛(FR)和PubMed (PR)中所有概念的相关性得分,并计算得分差值(得分差值= FR - PR)。如果概念的相关性得分与利益相关者相似,且概念的得分差异在µ±2σ范围内,其中µ为平均值,σ为得分差异的标准差,则该概念具有相似的优先级。如果得分差异为>µ+ 2σ,则该概念与家庭(论坛)更相关,并被认为是他们的优先考虑,因为分数差异很大。如果得分差异<µ- 2σ,则认为该概念更相关,或作为卫生专业人员的优先考虑(PubMed)。有趣的是,如 表4,我们在PubMed和forum之间发现了几个与ADHD相关的相似和不同的概念(见 多媒体附件8KG可视化)。所有这些概念的详细相关性得分可以在表S1-S3中找到 多媒体

类似地,使用相关性评分差异和KG表示比较两种来源中的asd相关概念,提供了各种相似和不相似相关性的概念,如图所示 表5 多媒体附录10KG可视化)。表S4-S6列出了所有这些概念的详细相关性得分 多媒体

围绕精神或行为功能障碍语义类型(绿色箭头)的注意缺陷多动障碍论坛和PubMed的知识图表示。概念标签的字体大小与概念在源代码中的出现频率成正比。“sameAs”关系(橙色箭头)连接了重叠的概念。边缘“isA”(紫色箭头)的厚度表示概念与病情(注意缺陷多动障碍)的相关性评分。注意力缺陷多动障碍。

PubMed和论坛数据中注意缺陷多动障碍概念优先级的收敛和发散。

概念列表
与注意缺陷多动有相似相关性的概念障碍的来源

冲动行为

注意力不集中

焦虑

精神抑郁

极度活跃的行为

失眠

情绪调节

注意

培训项目

社会化

与注意缺陷多动障碍论坛高度相关的概念

执行功能障碍

忘记

赛车的想法

精神问题

紧张

疲惫

睡过头了

迟缓

学习习惯

拖延症

在PubMed中与注意缺陷多动障碍高度相关的概念

药物滥用问题

药物依赖

品行障碍

反社会行为

成瘾行为

睡眠阶段延迟

Amotivation

焦虑症状

对立的行为

行为规范

PubMed和论坛数据集中自闭症谱系障碍概念的收敛和发散优先级。

概念列表
对两种自闭症谱系障碍来源具有相似相关性的概念

社会交往障碍

发育障碍

失语症

自闭症行为

智力障碍

精神障碍

广泛性发育障碍

脑瘫

癫痫发作

重复的行为

社会互动

非语言的

沟通

社会行为

眼神交流

社会技能

攻击行为

有自伤行为

刻板的行为

行为抽搐

与自闭症谱系障碍论坛高度相关的概念

欺凌

痴迷

社交恐惧症

社会焦虑

乱发脾气

缄默症

紧张

社会问题

内向的人

社会生活

拥挤

在PubMed中与自闭症谱系障碍高度相关的概念

免疫失调

社会认知

自适应行为

讨论 主要研究结果

了解患者及其家属的需求和关切最近被认为是卫生专业人员与家属之间更好沟通的关键因素。这导致了对心理模型在医疗实践中的作用的新兴研究[ 45- 48]和它们的映射[ 49].目前的方法包括与患者、家属或专家面谈和确定主要概念。克兰德尔等[ 6他认为认知任务分析是建立心智模型的一种方法。这些丰富的访谈时间为60-90分钟,参与者约为10人。虽然信息丰富而深入,但这一过程既耗时又潜在地限制了参与者的数量和多样性。

从理论的角度来看,我们的工作展示了KG构建技术和NLP如何通过使用大规模数据集来帮助创建心理模型,并避免限制专家访问和家庭隐私/可用性等瓶颈。虽然所使用的NLP方法已经得到了广泛的认可,但使用NLP生成kg来推导心理模型,并在家庭和卫生保健专业人员的观点之间进行比较,这对我们来说是完全新颖的。我们发现,来自论坛的基于网络的数据捕捉了患有两种重要ndd (ASD和ADHD)的个体父母关注的多样性。公开可获得的基于网络的数据可以反映从更传统的方法获得的数据,如文献中发表的咨询或调查。我们展示了如何使用基于网络的数据,使我们不仅可以识别诊断标准、药物、症状或疾病的合并症,而且还可以识别有关教育活动、娱乐活动和疾病周围的社会问题等其他领域的信息,这些通常被认为主要通过采访来获得。我们还表明,这些主题不仅与争议或未经证实的疗法有关,这往往是在医学领域不使用基于网络的信息的理由。同样,与医学专家的访谈往往是了解医学领域问题的瓶颈。

我们还说明了如何使用基于网络的数据来确定涉及复杂医疗条件(如ADHD和ASD)的不同利益相关者之间优先事项的收敛点。确定趋同点,即卫生专业人员和家庭感兴趣的相似概念,可以帮助临床医生和推广政策制定者确定“对话启动者”或共同兴趣。确定每个利益相关者的分歧概念甚至盲点对临床医生和家庭都起着重要作用。例如,与家庭高度相关的概念可以被临床医生用来构建持续的药物教育或培训增强。对于家庭来说,他们可以成为知识动员、公共教育运动或进一步研究的重点,以提高对其障碍和相关病症的认识。

从实际的角度来看,我们提出了一个框架,允许我们通过使用基于语料库的嵌入和语义相关性方法来识别和排序不同来源的相关概念,而不是简单的共现频率来对相关概念进行排序。开发相关概念的KG来表示心理模型可视化可以进一步帮助比较两个来源之间的收敛和发散概念。据我们所知,由于没有黄金标准的数据集来评估ndd中概念的相关性,我们的框架建议使用图形分析工具(如Gephi)来手动分析和探索KG可视化,这可以帮助专家验证结果。让专家(中间的专家)来审查NLP方法的结果有助于检测不正确的概念,这是缩写到概念的错误映射的结果。总之,我们的研究提供了一个原理证明,将产生对kg作为心理模型地图的认识,并用于广泛的医学领域的多学科研究人员。

基于kg和传统信息来源的比较

我们将我们的发现与以前的文献或报告进行了比较,这些文献或报告是使用传统方法的研究结果,如访谈或调查,并涉及来自ASD和ADHD社区的参与者(父母或卫生专业人员)。例如,对于多动症,我们发现使用论坛的个人(父母、朋友、护理人员)的优先事项与药物处方和医生类型有关。这反映了文献中所讨论的问题,参与研究的父母关注药物和非药物干预(首选行为干预)[ 50 51].卫生专业人员主题的另一个方面是关于信息来源的,这在以前被认为是与互联网一起的主要知识来源[ 52].以焦点小组为基础的研究,包括照顾者,表明父母最关心的是他们的孩子成为一个成功的成年人和改善学校行为[ 53 54]以及改善他们的社会地位和情绪状态[ 55],这些项目在过去已被列为优先处理项目。我们发现,在UMLS语义类型“个体行为”中,“行为习惯”概念与ADHD论坛的相关性评分为0.51。然而,我们目前的方法是基于UMLS概念识别,缺乏从句子中理解位置和年龄背景的能力,即“行为习惯”是针对学校还是家庭,是针对儿童还是青少年。NLP论坛的分析也没有指出父母(和卫生专业人员)使用多模式干预的重要趋势[ 56].同样,我们对PubMed关于多动症的论文进行了分析,确定了先前由健康专家确定为优先事项的主题。我们发现排名最高的话题是讨论ADHD的核心症状以及共病、品行障碍和物质使用。这反映了健康专家的共识报告,强调了治疗症状疗效的重要性,并提出了情绪方面、学习成绩和工作表现的观点[ 57]以及精神疾病和药物滥用等共病[ 58- 60].总的来说,我们发现家庭多动症论坛和PubMed论文的观点与多动症的核心症状、焦虑和抑郁等共病,以及培训计划和社会化的教育问题有着相似的优先级。

关于ASD,我们在本研究中的另一个NDD用例,我们发现PubMed摘要和ASD论坛反映的最重叠的主题对于不同的利益相关者具有相似的优先级。这些主题包括ASD伴随的病情、症状和行为的分类,以及与社会互动相关的主题。事实上,我们发现人们使用ASD论坛的优先事项包括关注社会互动,如社交技能、沟通和友谊,以及说话等日常活动。这与Lai和Weiss发布的一项调查结果相似。 61调查ASD的服务需求,发现照顾者优先考虑社交技能和生活技能项目。另一项研究也发现,父母最关心的是社会互动[ 62,但该研究发现,其次最普遍的担忧是问题行为和学术,这是我们在论坛分析中没有看到的。塞尔维亚的一项研究同样支持沟通、社会互动和日常活动是照顾者的优先事项[ 63].此外,我们对PubMed摘要的分析显示,ASD的分类及其与胎儿酒精谱和ndd的关系,对社会互动和交流的关注,以及对ASD儿童的关注等问题的讨论频繁。这些优先事项得到了医生治疗ASD方法的支持,这种方法利用了一个多样化的专业团队,专注于改善社会互动和沟通[ 64 65].这并不是说父母和研究的优先事项总是一致的,正如英国最近的一项调查所显示的那样,说明研究往往集中在生物医学方面,而不是服务和支持[ 66].

我们表明,来自PubMed论文的KG概括了上述关于ADHD和ASD主题的立场论文的发现。然而,我们的研究结果和基于参与者的研究结果之间的一些差异可能是由于样本量的差异或选择偏差(照顾者的年龄,因此,儿童可能小于上学年龄或成年年龄)造成的。收集到的基于网络的论坛数据比基于访谈的研究的参与者数量大得多,因此可能包括以前没有确定的观点。或者,我们可以推测,家庭成员可能更倾向于在网上分享个人担忧,而不是在采访中,尽管我们没有找到针对这一主题的发表研究。此外,我们已经包括了所有的PubMed论文和基于网络的论坛,不管它们的出版或发布时间(PubMed可能包括更老的概念,这不再是当代关注的问题),而不是上面提到的来自过去5年或更短时间的专家意见。

我们方法的优点

尽管代表关系中涉及的个人的优先事项和概念已经被证明有利于沟通和效率,使用基于网络的数据提供了包括更多数量的个人的能力,如图所示。这样可以更好地反映不同的意见,并反映经验的差异。我们还发现,论坛帖子和PubMed论文对所有被研究的领域都具有相同的覆盖密度,这表明它们呈现出丰富的视角,而不仅仅是趋势。此外,在未来,我们的方法可以用于比较不同国家的个人关注的问题,例如在城市与农村环境中,或者在一个国家的新来者中。从基于语料库的VSM中获取相关概念,并将其表示为基于属性图模型的KG中的连接节点,有助于通过使用不同的可解释性维度来识别收敛性和发散性概念。节点大小是文档中关于某个条件的概念出现的频率,它表明该概念在源代码中被广泛讨论的程度。边缘厚度与语义相关度分数成正比,根据使用的上下文,可以告诉我们一个概念与疾病(ASD或ADHD)的相关度。这是很重要的,因为它可以帮助把注意力集中在知识转化和医学教育以及政策和研究发展上。

我们方法的局限性

其中一些限制与用于构建图表的数据的性质有关。论坛帖子提出了一些挑战。这些论坛并没有精确地定义用户是自闭症谱系障碍和多动症患者的父母、照顾者,还是潜在的家庭成员。这可能会影响请求的信息类型。此外,根据定义,用户是根据他们使用技术收集信息来选择的。这可能是一种基于获得技术的偏见,而技术将受到健康的社会决定因素的影响,因此可能不完全反映父母的关切。此外,出于保密的考虑,父母可能不会分享他们对患有ADHD或ASD的家庭成员的所有担忧。另一个重要的一点是,这里的PubMed文献代表了医疗保健。虽然PubMed确实代表了一个高质量的医学文献语料库,但它可能不能完全反映医疗保健提供者所讨论的内容,比如如果他们在场的话,使用基于网络的论坛。此外,从技术角度来看,我们提出的基于语义关联的KG表示仅利用了关于UMLS概念的分类信息,这些信息由KG中的“isA”关系表示。 However, UMLS provides a semantic network, which shows several meaningful relationships between different semantic types in the form of triples, that is, type1, relation, type2, etc: for instance, (“Mental or Behavioral Dysfunction,” “associated_with,” “Daily or Recreational Activity”) and (“Disease or Syndrome,” “co-occurs_with,” “Mental or behavioral dysfunction”). Utilizing this information could provide more meaningful and direct relations between the concepts of different semantic types. We aim to apply the distantly supervised relation extraction approach on each document corpus, which utilizes the UMLS semantic network to obtain diverse relations between different concepts [ 67 68].该方法的输出也可以作为深度学习算法的训练数据来训练关系提取模型,这将允许我们通过处理文本语料库来创建KG,不仅适用于NDD域,而且适用于任何其他条件。

结论

我们的研究显示了使用基于文本NLP分析结果开发的KGs的好处。这些图表代表了ASD和ADHD患者父母的主要关注点的心理模型,并将其与在同一领域建立在医学专家知识基础上的模型进行了比较。通过比较可以确定兴趣的重叠点和分歧点。我们展示了在这两种类型的涉众中有一些收敛点和广泛的关注点列表。这一点很重要,因为直接从利益相关者那里获得此类信息需要在招聘和进行访谈或分发调查方面付出大量努力(通常回复率有限)。此外,我们还发现,对ADHD或ASD家庭或医学专家进行的民意调查或采访的公开报告,与我们通过NLP和图表比较确定的问题相似。未来的实地工作将补充我们的工作,这可能有助于理解不同的概念如何呈现出复杂的相互作用,或者特定人群如何基于不同的因素(如健康的社会决定因素)而彼此不同。

PubMed和论坛常用语义类型柱状图。

自闭症谱系障碍和注意缺陷多动障碍的概念排名与相关性得分(多张表)。

统一医学语言系统规范概念与论坛和PubMed文本词汇的映射。

注意缺陷多动障碍pubmed选择的语义类型和概念(为清晰起见分为子图)。

注意缺陷多动障碍知识图谱——论坛选择的语义类型和概念(为清晰起见,分为子图)。

自闭症谱系障碍知识图pubmed选择的语义类型和概念(为清晰起见,分为子图)。

自闭症谱系障碍知识图谱——论坛选择的语义类型和概念(为清晰起见,分为子图)。

知识图代表了最相关的注意缺陷多动障碍概念之间的异同。

论坛和PubMed概念相关度得分比较。

知识图代表了最相关的自闭症谱系障碍概念之间的相似点和不同点。

PubMed抽象数据集。

缩写 注意力缺陷多动症

注意缺陷多动障碍

自闭症谱系障碍

自闭症谱系障碍

公斤

知识图谱

NDD

神经发育障碍

NLP

自然语言处理

采购经理人指数

点互信息

PPMI

正的点互信息

圣言会

奇异值分解

uml

统一的医学语言系统

扫描仪

向量空间模型

我们要感谢Osmar Zaiane博士和阿尔伯塔大学的同事们进行了有益的讨论。这项工作由加拿大健康研究所和自然科学与工程研究理事会向FVB提供的运营拨款资助。PubMed数据由美国国家医学图书馆提供,并共享于 多媒体附件11根据国家生物技术信息中心的条款和条件[ 69].此数据集将不反映未来国家医学图书馆提供的最新/准确的数据。

FVB设计了这个项目。MZR和MK设计了方法。MK实现了文本分析管道,并对结果进行了分析。FVB和EW对结果进行了分析。MK, EW, JC, KK, MZR和FVB撰写了手稿。FVB和MZR监督该项目。

没有宣布。

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