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2563 - 6316
卡塔尔世界杯8强波胆分析
加拿大多伦多
v3i3e34979
10.2196/34979
原始论文
原始论文
代表医生自杀索赔作为纳米出版物:概念证明研究创建索赔网络
Meinert
爱德华。
匿名
匿名
匿名
陈
埃里克·C
苏亚雷斯电话
爱丽儿
梁
蒂芙尼我
医学博士
1
护理和公共卫生研究所
马斯特里赫特大学
Postbus 5800
6202年马斯特里赫特,阿兹
荷兰
31 43 388 2222
t.leung@maastrichtuniversity.nl
2
https://orcid.org/0000-0002-6007-4023
库恩
托拜厄斯
博士学位
3.
https://orcid.org/0000-0002-1267-0234
Dumontier
米歇尔
博士学位
4
https://orcid.org/0000-0003-4727-9435
护理和公共卫生研究所
马斯特里赫特大学
马斯特里赫特
荷兰
内科(附属)
南伊利诺伊大学医学院
斯普林菲尔德,
美国
计算机科学系
阿姆斯特丹自由大学
阿姆斯特丹
荷兰
数据科学研究所
马斯特里赫特
荷兰
通讯作者:Tiffany I Leung
t.leung@maastrichtuniversity.nl
Jul-Sep
2022
1
7
2022
3.
3.
e34979
15
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29
1
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3.
4
2022
19
5
2022
©Tiffany I Leung, Tobias Kuhn, Michel Dumontier。最初发表在JMIRx Med (https://med.jmirx.org), 01.07.2022。
2022
这是一篇开放获取的文章,根据创作共用署名许可(https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)的条款发布,允许在任何媒体上不受限制地使用、分发和复制,前提是正确引用了首次发表在JMIRx Med上的原创作品。必须包括完整的书目信息,https://med.jmirx.org/上的原始出版物的链接,以及此版权和许可信息。
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.05.16.20101881v1
https://preprints.www.mybigtv.com/preprint/34979
https://med.jmirx.org/2022/3/e39859/
https://med.jmirx.org/2022/3/e39860/
https://med.jmirx.org/2022/3/e40299/
https://med.jmirx.org/2022/3/e39886/
https://med.jmirx.org/2022/3/e39889/
https://med.jmirx.org/2022/3/e40158/
背景
在医生自杀研究较少的领域,各种因素可能导致错误信息或信息失真,这反过来又会影响基于证据的政策和预防这一独特人群的自杀。
客观的
这篇论文的目的是利用纳米出版物作为一种科学出版方法,在同行评审的出版物中建立一个关于美国医生自杀率的引用网络。
方法
使用先前发表的关于医生自杀的范围文献综述的文章列表来确定那些评论或调查医生群体(包括学生、研究生实习生和执业医生)自杀行为的文章。所收录的文章都来自同行评议的出版物,并声称每年的医生自杀率。进行人工数据提取,收集文章(或资源)类型、标题、作者、数字对象标识符或URI、出版年份、声明(关于每年的医生自杀率)、文章最后一次访问的数据(如网页)以及支持该声明的引用。其他的文章、网站或其他链接只有被已经包含在数据集中的同行评审文章引用时才会被添加到权利要求集。使用Nanobench和研究者开发的基于文献的声明纳米出版物模板,为每篇文章或资源创建一个纳米出版物。
结果
一组关于美国医生自杀率的49项声明被代表为纳米出版物。对声明网络的分析显示:(1)该网络不是完全连接的,(2)无法确定该声明的单一主要来源,(3)所有端点引用都有一个声明,没有进一步的引用,没有明显的声明,或者无法访问以验证该声明。纳米出版物策略还使在网站上发表的不同主张成为可能。
结论
纳米出版物仍有待于在更广泛的医学科学出版中采用,特别是在关于医生心理健康和自杀的出版中。这项概念验证研究强调了在医生自杀这一主题上进行更多协调研究的机会。我们的工作整合了这些不同的主张,并能够验证非权威的主张,从而更好地装备研究人员推进循证知识,并在倡导预防医生自杀方面做出明智的声明。将医生自杀率声明作为纳米出版物可以在未来的工作中扩展和改进。
医生自杀
自杀
预防自杀
医生的幸福
心理健康
nanopublication
医生
医生
心理健康
语义出版
文献计量学
要求网络
信息失真
错误信息
简介
纳米出版物是“具有相关背景的核心科学陈述”[
1].也就是说,科学发现可以作为计算机解释的最小部分发表,使纳米出版物能够明确而可靠地引用其他纳米出版物[
2].此外,它们是独立的,因为它们包含科学断言以及它们的来源信息和元数据;然后,纳米出版物可以被提供可靠的uri,以验证数字工件及其整个参考树[
2].该基础设施允许创建引用、声明和论证网络,其中科学陈述被识别、连接和验证[
1].
在应用中,使用纳米出版物来代表生物医学文献中的科学断言并不新鲜。例如,DisGeNET中疾病病理生理学的遗传基础已被绘制为纳米出版物[
3.,
4].阿尔茨海默病研究网络建立了一个网络研究社区,将研究成果组织在一个带注释的知识库中[
5].应用主要涉及生命科学领域的数据集,包括疾病、基因、蛋白质、药物和生物途径的数据[
6].
在医生自杀领域,学术文献中发表了不同的研究、观点和立场声明,仅在过去20年就发表了60%以上的此类文献[
7].至少有37个国家报告了医生自杀,许多影响一般人群的自杀行为风险因素,如诊断或治疗不充分的精神健康障碍或物质使用障碍,也适用于医生。更有争议的是,人们提出了各种独特的风险因素,包括人类生理学的专业知识,更容易获得致命的自残手段,医生培训途径中选择的人格特征,实践的专长,以及医疗领域特有的法律或许可问题[
7].
在全球范围内,医生自杀对医疗工作者来说是一个严重的问题,并最大限度地利用现有证据进行预防。然而,即使是关于医生自杀发生率的基本信息仍然知之甚少。在以前的工作中,人工构建了一个索赔网络,以追踪一个经常被引用的索赔的来源,即每年有300至400名美国医生死于自杀,这表明索赔失真和传播关于医生自杀发生率的错误信息发生在已发表的文献中[
8].这项工作借鉴了之前关于微出版物的工作,微出版物是科学主张和证据的语义模型,能够跨信息网络进行知识发现和推断[
9,
10].类似的识别和追踪引用失真的方法此前已经针对一项关于阿尔茨海默病的具体科学声明进行了研究[
11].本文通过将纳米出版物模式应用于同一医生自杀索赔扩展了这项工作。
随着关于医生自杀的文献与科学文献的总体增长同步增长,这提供了一个独特的机会,开始建立核心基础设施,以可验证的方式促进关于医生自杀的社区学习。这种基于现有数据的可验证性和可靠性的学习,可以支持研究人员、倡导者、政策制定者和医学界在克服关于医生自杀的错误信息和信息扭曲方面所需的警惕。
这项研究的目的是利用纳米出版物作为一种科学出版方法,在同行评审的出版物中创建一个关于美国医生自杀率的引用网络。这是将语义网络基础设施应用于医生自杀研究的概念验证研究。据我们所知,以前在这一领域还没有这样的应用。促进关于医生自杀的高质量研究的整合、互操作性和可发现性,将有利于医生预防自杀的循证政策和干预。
方法
数据源
以前对关于医生自杀的文献的范围回顾确定了评论或调查医生群体自杀行为的文章,包括学生,研究生实习生和执业医生[
7].简单地说,在那篇文献综述中,一位医学图书馆员协助完善了研究问题,制定了搜索策略,并对相关的电子数据库进行了搜索,包括Ovid Medline、PsycINFO和Scopus。这些数据库从成立到2018年4月进行了搜索。使用预定义的文献回顾方法,确定了347篇文章进行分析,最早的可追溯到1903年[
7].从这347篇文章中,我们进一步筛选了用于概念验证研究的文章,重点关注那些断言或声称美国医生每年死于自杀的比率的文章。然后,1位作者(TIL)使用关键字“医生自杀”建立了一个谷歌学者警报,并从同行评审的期刊中筛选额外的文章,根据先前从已发表的范围文献综述中建立的纳入标准纳入[
7].这些文章发表于2020年3月
,被识别并添加到本研究使用的文章集中。
网站、新闻文章、博客、白皮书、组织或机构报告和其他灰色文献不是本研究的主要重点,因此没有检索到作为年度自杀率声明的原始来源。然而,其他的文章、网站或其他链接只有被已经包含在数据集中的同行评审文章引用时才会被添加到权利要求集。
数据提取
由1位作者(TIL)执行手动数据提取,收集文章(或资源)类型、标题、作者、数字对象标识符或HTTP URI、出版年份、声明(关于每年的医生自杀率)、文章最后一次访问的数据(例如,一个网页)以及作者表示支持该声明的引用。数据被提取到电子表格中,然后用于创建纳米出版物。电子表格还注明了该集合的原始参考来源,如下:范围文献综述[
7],谷歌学者警告,或者不适用,因为该引用被其他权利要求引用。
为了确保为支持一项主张而提供的引文被充分识别,在利益主张之前和之后的句子中检查引文。
表1举例说明了在稿件和权利要求的层面上的提取程序。
在数据提取期间进行索赔识别和归因。
利益主张,包括前句和后句 |
申请提取的 |
权利要求所归属的引文 |
“迫切需要发展和传播这些最佳做法。据估计,每年有300名医生死于自杀,而且这个数字可能还会上升。43、44每一次的头条新闻都令人悲伤,甚至震惊。
12]. |
“估计每年有300名医生死于自杀,而且这个数字可能还在上升”[
12]. |
引用43号:关于医生抑郁和自杀的事实[
13]
恰当的权利要求引用第44号:医生倦怠和健康:一个系统的评价和行动框架[
14]
|
“死亡率很高。男性医生的自杀风险是普通人群的1.4倍,而女性医生的自杀风险是惊人的2.27倍。我们知道每年有300-400名医生自杀。可能还有更多,因为一些死亡证明可能无法反映死亡的实际原因。
15]. |
“我们知道每年有300-400名医生自杀。”
15]. |
未提供引用
|
就网站而言,我们会利用互联网档案的Wayback Machine检索最后访问日期的网站版本,以提取数据[
16].如果一个权利要求是可用的,那么这个文本被提取为权利要求;如果没有,那么纳米出版物包括评论“没有明显的医生年自杀率”;如果没有存档版本的网站可用,那么纳米出版物包括评论“未经证实的说法,每年医生自杀率存在。”如果一个网站在两个不同的时间点被不同的文章引用,那么该网站的每个不同引用版本都会创建一个单独的纳米出版物。
数据结构
每个纳米出版物由3个部分组成:断言、出处和出版信息[
17].遵循Groth等人的纳米化模型[
1],为每一项关于医生自杀发生率的声明创建纳米出版物所采取的步骤包括:
断言:表示为一组三元组——主题是本地文章或资源标识符,通过创建者、日期、标识符、标题、类型、引用和评论链接。
出处:每个断言都链接到创建者(注释者),由开放研究人员和贡献者标识符帐户识别。
出版信息:每个纳米出版物包含时间戳、创建者、模板链接和公钥+签名。
我们创建了一个基于文献的声明模板来指定这些字段和值,并使用资源描述框架模式、纳米出版物本体、文档类型的Fabio本体、出处、创作和版本本体以及引用的语义科学集成本体来提供到语义类型和关系的映射。
创建Nanopublications
为每一篇文章或资源使用创建一个纳米出版物
Nanobench使用基于文献的索赔纳米出版物模板(
图1) [
18].
Nanobench是一个基于Java的终端用户工具,允许浏览和出版纳米出版物。通过连接到分散的纳米出版物网络[
19],用户可以看到其他人的纳米出版物,并通过特定模板生成的表单发布自己的纳米出版物,这些模板本身被定义和发布为纳米出版物。所有发表的纳米出版物都经过数字签名,并链接到用户的开放研究人员和贡献者标识符帐户[
20.].然后创建一个包含所有创建的纳米出版物的纳米出版物索引。
基于文献的声明的纳米工作台模板。DOI:数字对象标识符;ORCID:开放研究人员和贡献者标识符。
道德的考虑
这项研究涉及的数据来自公开发表和可获得的资源。不需要机构审查委员会的批准。
结果
一组关于美国医生自杀率的49项声明被代表为纳米出版物。
图2[
12-
14,
21,
22]举例说明了1篇已发表的同行评审文章[
12]表示为纳米出版物,然后将其链接到声明的引用,该声明也表示为纳米出版物以及相关的纳米出版物链。例如,Kalmoe等[
12他在2019年的一篇展望文章中称,“估计每年有300名医生死于自杀,而且这一比例可能还在上升。”该声明还引用了2个资源,这是美国预防自杀基金会(AFSP)网站的2018年版本[
13]以及在同行评审文献中发表的文献综述[
14].这些资源中的每一个都被审查以提取信息以创建纳米出版物。AFSP网站并没有做出这样的声明。Rothenberger等人在2017年声称,“虽然很难获得准确的数据,但合理的估计是,美国每年有400名医学生或医生自杀。”这一说法还引用了医学新闻平台Medscape 2015年的一个网站,该网站声称“虽然由于死亡原因报告和编码不准确,不可能准确估计,但最常用的数字大约是3-400名医生/年,或者可能是每天一名医生”[
23].该网站声称每年的医生自杀率,但没有提供进一步的参考资料。Withy等人在2017年声称“美国的统计数据表明,每年有300到400名医生自杀”[
21]并引用了相同的Medscape网站[
23,以及另一家医疗新闻平台StatNews的网站,该网站声称“美国统计数据显示,每年有300至400名医生自杀”[
22].该网站还声称每年的医生自杀率,但没有提供进一步的参考资料。结果,该索赔网络终止,如中所示
图2.
由其权利要求链接的纳米出版物(如果有),以及作为权利要求来源引用的纳米出版物(如果有)。以浅灰色虚线显示的纳米出版物表示一篇文章或资源,声称每年的医生自杀率,但没有提供进一步的参考。
纳米出版物和索赔网络是为数据集中的所有文章创建的,类似于如何
图2被创建(
图3).
图3显示创建的多个声明网络,没有单个的主要来源或连接纳米出版物的终点。这导致12个独立的纳米出版物与任何其他出版物都没有联系,因为没有引用来支持所断言的主张。另外创建了8种类型的图表,其中所有纳米出版物的结果都是两个可能的终点之一:(1)没有明确的年度医生自杀率声明,或者如果有年度医生自杀率声明,则未经验证;(2)声称每年医生自杀率,但没有提供进一步的引用来支持这一说法。
虽然不是本研究的先验目标,但将纳米出版物模式应用于年度医生自杀索赔,可以捕获网站上发布的不同索赔。具体来说,在2011年至2018年期间,AFSP的网站被引用了6次。令人惊讶的是,虽然只有2018年版的AFSP网站可以检索到,但它没有包含明显的年度医生自杀率。目前还无法确定该网站之前的版本是否陈述了这一说法,但随后被删除了。
在另一个例子中,医生自杀的说法似乎随着时间的推移而改变;Medscape网站被文章引用为2015年和2018年的版本,每个版本都由不同的纳米出版物代表。从互联网档案馆(Internet Archive)的时光机(Wayback Machine)检索到的2015年版Medscape网站上写道:“据可靠估计,美国平均每年有多达400名医生自杀(相当于至少一所医学院)。”然而,使用相同链接的2018年版网站却以不同的方式陈述了这一说法,内容如下:“虽然由于死因报告和编码不准确,无法准确估计,但最常用的数字大约是每年3-400名医生,或者每天一名医生。”
多个连接纳米出版物代表美国医生自杀率索赔的图表。封闭的圈子:纳米出版物代表了一篇关于医生年自杀率的文章。开放圈:纳米出版物代表一篇文章或资源,该文章或资源“没有明显的医师年自杀率声明”或“未证实是否存在医师年自杀率声明”。灰色圈:纳米出版物代表了一篇文章或资源,声称每年医生自杀率,但没有提供进一步的参考。
讨论
主要结果
这项研究的发现强调了以可靠和可核实的方式整合科学文献,特别是个别科学主张的重要性。创建纳米出版物来代表文章的主张,即“每年有300到400名美国医生死于自杀”,经验证明这是一个缺乏支持但经常被提及的主张。研究表明,美国医生自杀率的单一来源无法确定。
这项研究是已知的纳米出版物基础设施在有关医生自杀的科学声明中的第一个应用。将纳米出版物模式应用于医生自杀索赔发现:(1)索赔网络没有完全连接,(2)索赔没有单一的主要来源,(3)所有终点引用都有一个没有进一步引用的索赔,没有明显的索赔,或者无法访问以验证索赔。这与之前的研究结果一致[
8并通过将医生自杀率声明作为纳米出版物来扩展现有工作。将这些主张表述为纳米出版物是可以扩展和改进的。这项研究具有重要的意义。
由于纳米出版物的使用尚未应用于自杀学研究,特别是医生自杀,这项概念验证研究可能会突出这些领域更协调的研究努力的需要。一些生物医学研究界已经从这种研究方法中受益。值得注意的是,为了实现这一目标,需要最少一组社区一致同意的注释来优化纳米出版物的质量[
1].在医生自杀的研究中,还没有这样的社区标准存在,但这也可能是一个发展这样的标准的机会,从一开始就推动纳米出版物在这一领域的应用。这种进一步的工作可以解决先前在医生自杀发生率研究中确定的一个当务之急[
7].
纳米出版物可以允许持续的索赔追踪和验证,包括,例如,核算版本。不同的网站版本甚至可能在他们的断言中有所不同,这一点在本研究中得到了确认,尽管这并不是该研究的一个既定目标。这项研究建立在先前工作的基础上,将纳米出版物基础设施应用于他们所做的文章和声明。如前所述,使用纳米出版物来代表科学断言已用于疾病病理生理学的遗传基础[
3.];阿尔茨海默病研究[
5];以及其他生命科学数据,包括疾病、基因、蛋白质、药物、生物途径的数据[
6].
限制
一个限制是索赔网络只包含关于每年医生自杀率的逐字索赔。1968年发表了第一项研究,根据医疗专业组织2年的讣告数据估算发病率,报告称每年的粗略自杀率为每10万名医生38.4人[
24].从那时起,系统综述或荟萃分析试图从其他估计发病率的观察性研究中收集数据[
25-
28].大多数关于自杀发生率的研究都应该报告自杀死亡率,即每10万人年因自杀死亡的人数,而医生自杀死亡率尚未得到纳米公布。除了关注这里研究的单一索赔外,还需要进一步的工作来代表所有关于医生自杀的可用数据。以纳米出版物的形式表示额外的数据,包括发病率数据、风险因素、人口统计数据和其他上下文信息,可能会提供关于医生自杀的现有知识的更丰富的图表,从而能够更快速地了解该领域。
其次,关于数据源方法,没有进行滚雪球式的检查纳入文章的完整参考文献列表。这项概念验证研究的重点是特别关注一篇文章的作者在发表年度自杀率声明的句子末尾提供的引用。滚雪球式的增长可能会揭示更多发表同样声明的出版物,但我们也预计,这种方法将进一步证明,关于年自杀率的索赔网络将揭示网络中额外的碎片化和不连接的部分。这一假设还需要进一步的调查。
此外,尽管医生自杀是一个全球性问题,但本研究中索赔的地理焦点是在美国。杜希尔等[
28)进行了荟萃分析,其中包括来自北美、欧洲、非洲、澳大利亚和亚洲的同行评审文献。作为本研究数据来源的文献综述也确定了37个报告有医生自杀的国家[
7].如果可以在有关医生自杀的纳米出版物中纳入原产国和自杀死亡人数,可以进一步丰富在全球范围内对医生自杀的理解。
最后,本研究使用的数据源的搜索策略可能会有限制。由于网络搜索可能也提供了一个有价值的非同行评审文献和灰色文献的来源,这些文献也声称类似于“每年有300到400名美国医生死于自杀”,这些可能在面向公众的出版物中提供了一个关于医生自杀的未经研究的错误信息领域。然而,由于这项研究不是作为信息流行病学研究而设计的,结合这样的搜索来丰富数据来源和进一步的分析可以添加到当前关于医生自杀的文献中。
结论
纳米出版物仍有待于在更广泛的医学科学出版中被采用,特别是在关于医生心理健康和自杀的出版中。我们的工作整合了这些不同的主张,并能够验证非权威的主张,从而更好地装备研究人员推进循证知识,并在倡导预防医生自杀方面做出明智的声明。
缩写
AFSP
美国自杀预防基金会
这项研究没有资金支持。这篇论文被接受为Bio-Ontologies 2020的口头报告,这是一个国际计算生物学协会的特殊兴趣社区;然而,它没有发表在会议记录中。
数据可用性
所有数据都是公开的。从每项申索中人工提取的数据均储存于电子表格[
29],然后作为个别的纳米出版物发表,并聚合成一个纳米出版物索引[
30.].
Nanobench可供免费使用[
20.].
TIL收集和整理数据,进行数据分析,并起草手稿和修订。TK和MD提供了用于研究的软件,并对手稿进行了修改。所有作者构思了研究设计,解释了数据,并批准了最终的手稿。作者感谢Chwen-Yuen Angie Chen和Sima Pendharkar关于医生自杀的深思熟虑和批判性对话,这在一定程度上有助于本研究中研究问题的概念。
TIL是JMIR出版社的科学编辑。卡塔尔世界杯8强波胆分析
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Groth
P
吉布森
一个
Velterop
J
纳米泡的解剖结构
ISU
2010
09
21
30.
1 - 2
51
56
10.3233 / isu - 2010 - 0613
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库恩
T
Dumontier
米
可信uri:链接数据的可验证、不可变和永久数字工件
计算机科学课堂讲稿
2014
8465
395
410
10.1007 / 978 - 3 - 319 - 07443 - 6 _27
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Queralt-Rosinach
N
库恩
T
奇切斯特
C
Dumontier
米
Sanz
F
弗隆
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将DisGeNET作为纳米出版物出版
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2016
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23
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5
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528
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163
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bbm012
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库恩
T
班达
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Ehrhart
F
Evelo
C
玛拉
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Dumontier
米
Merono-Penuela
一个
苹果
一个
Poelen
J
Hurlbert
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奥尔蒂斯
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弗隆
l
Queralt-Rosinach
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奇切斯特
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纳米出版物:日益增长的以来源为中心的科学关联数据资源
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医生自杀:范围文献综述,以强调预防的机会
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Pendharkar
年代
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Dumontier
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利用引文网络寻找证据基础:每年有300到400名美国医生死于自杀?
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参数图
文献-数据集成的健壮可复制的科学。第八届知识捕捉国际会议暨首届科学知识捕捉国际研讨会(K-CAP)
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引文失真如何产生无根据的权威:引文网络分析
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Queralt-Rosinach
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Giannakopoulos
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Ngonga
NA
Viglianti
R
Dumontier
米
纳米出版物的分散来源意识出版
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